本所成立於民國四十年一月，隸屬台南縣衛生院，設址於東山區東山里 236號，民國四十九年奉命改隸本鄉鄉公所管轄，民國六十三年因全盤業務與指揮監督之需要，奉行政院予改隸屬台南縣衛生局迄今 。衛生所是政府為了民眾的健康著想而設置的基層保健機構，以維護全民健康為目的。本所為服務更偏遠村里，於七十年至七十二年間先後爭取三個衛生室 (南溪、 嶺南、南勢衛生室 )，將衛生教育及健康管理，深入每一個家庭，推展醫療保健工作 ，促使國民重視各項衛生保健，為加強擴大醫療保健服務工作，民國七十四年七月三十日奉准辦理群體醫療執業中心，增加設備加強基層醫療保健工作，本所全體同仁，將全力以赴，竭盡所能，為服務民眾，促進全民健康而努力。
民國99年12月25日，因原臺南縣市合併升格為直轄市，改制為臺南市東山區衛生所，屬臺南市政府二級機關，隸屬臺南市政府衛生局。